את ברית המילה מבצע מוהל דתי יהודי, ולא שומרוני היות ולא נמצא בין השומרונים אדם המוסמך רפואית לביצוע ברית מילה ועל כן מזמינים מוהל שאינו שומרוני.

ברית המילה נערכת כבר בתחילתו של היום השמיני להולדת הבן, בשעה 7:00 בבוקר. שעה מוקדמת זו ניתן להסביר בכך שהשומרונים מעדיפים לא לקחת סיכון בכך שמשהו עלול להשתבש במהלך היום, וחלילה הברית תיאלץ להידחות מסיבה כלשהי.

סיבה נוספת לכך היא שברית מילה היא מצווה גדולה, ועדיף להתחיל את היום במצווה זו.

ברית המילה נערכת בדרך כלל במרכז הקהילתי השכונתי של הקהילה, הן בחולון והן בהר-גרזים. קהל המתפללים השומרוני נאסף במרכז הקהילתי ומתחיל את התפילה בהנחייתם של כהני העדה. באותו זמן יבצע המוהל את מלאכתו בעזרתן של אם הילד וחברותיה.